看Nikita和Michael抓住了一个名叫Cyrus(Isaiah Mustafa)的军火贩子，发现他正为Ari(Peter Outerbridge)购买一种能够干扰武器信号的装置。Nikita劝说Ryan同意他们拿Cyrus做诱饵，将Amanda及其党羽一网打尽。Cyrus设法摆脱了Nikita等人的控制，溜回Amanda身边。Amanda出卖了Cyrus，他唯有倚仗Nikita才能活下去。与此同时，Birkhoff积极寻找Amanda安插的间谍。
Birkhoff告诉Nikita，Sonya就是Amanda安插在组织内部的间谍。Amanda不仅激活了Sonya的自毁芯片，还在组织内部安插了另一名间谍，随时监视Sonya的一举一动。Nikita、Michael和Ryan决定将计就计，利用Sonya来引诱Amanda现身。与此同时，Birkhoff设下一个陷阱，希望第二个间谍自投罗网。另一方面，Michael质问Alex为什么又开始嗑药，Alex恳求Michael不要把真相告诉Nikita。第三季后半段要比前半段更黑暗，其中最重要的一条就是：Michael会遭遇“可怕的情形”。
Nikita和Owen与叛逃的「Cleaner」Liam(Pedro Pascal)展开对攻;Michael接受了「组织」里的新职位;Michael看到Nikita和Owen在一起「亲密工作」的样子，不禁心生醋意，他和Nikita的关系变得非常紧张。
