Birkhoff得到Shadowbot提供的情报，称Ari(Peter Outerbridge)出现在纽约城。Nikita和Owen立刻赶往纽约，试图在FBI带走Ari之前将他接回「组织」总部。然而Ari告诉Nikita，他精心策划了这一切就是为了与Nikita见一面。Ari称Amanda已经彻底失控——她正与一个恐怖分子合作，准备对美国本土发动袭击。Ari愿意提供情报帮助Nikita抓住这个恐怖分子(Peter Marek)，但是索要5000万美元的「情报费」。Ryan竟然考虑支付这笔钱，Nikita和Michael都很震惊。与此同时，Alex和Owen变得很亲密，Sean不禁醋意大发。
为了控制黑盒子，Amanda计划绑架Ari的儿子Stefan，并利用他作为交易的筹码，仍处于「组织」保护之下的Ari不得不向Nikita求助。糟糕的是，Stefan神通广大的保镖Krieg竟然同时抓住了Nikita和Amanda，这对不共戴天的敌人为了逃生不得不违心地进行合作。Michael指派Alex作为Nikita的后援而不是Owen，这让Owen有些抓狂。
Amanda将Alex当作人质，迫使Nikita答应她的条件：用Ari来交换Alex。Michael指派Nikita和Sean执行人质交换任务，但Ryan在最后一刻将Owen也派来了，引发了Michael的不满和怀疑。被俘期间，Alex向另一名囚犯Larissa(Olga Fonda)表示了友好，发誓要带她一起逃出去。Alex的决定最终影响到Nikita的营救计划，她不得不再做一个选择：顺从Nikita的安排，还是遵守自己对Larissa的承诺?
Nikita认为「组织」应该承接一个官方任务，除掉对美国有威胁的乍得总统(他人在巴黎，安全保卫不严，正是他们动手的好机会)。Alex拒绝参与这种有悖常理的行动。Alex对Nikita十分失望——因为Nikita和Percy一样向大家隐瞒真相——于是拉Birkhoff和她一起调查Danforth的秘密。如果和政府的合作出现问题，他们可以用相关情报来作为谈判筹码。Alex和Birkhoff很快有了一个足够「炸掉」整个「组织」的惊人发现……这个「炸掉」不仅仅是象征意义!
Nikita和Michael得知一种新型假手可以帮助Michael摆脱「残疾」的尴尬，恢复往日的活力——但他们必须付出高昂的代价。Nikita一开始以为这只是一次卧底任务，但她的身份很快曝光了……「偷」变成了「抢」!与此同时，「组织」内部有人组织哗变，结果造成一起流血事件，Alex和Sean奉命调查事件的真相并抓住这个叛徒。
